历经十七年，台日终于签定渔业协议。三一一地震时台湾的无私援手，加上日本担忧两岸联手保钓，让外务省高层在台日渔谈第二次预备会议后亲自出面，定调暂时搁置涉及主权的敏感议题，专注渔业作业规范，压下强势的日本水产厅，是这次台日顺利签字的主因。
去年日本擅将钓鱼台国有化，引发两岸强烈不满，激出联手保钓的声音，东亚态势诡谲难测。日本分派特使前往两岸疏通，日本交流协会主动发布新闻稿，希望早日重启渔业谈判，让搁置三年多的台日渔业会谈得以重新启动。
与「凶悍」的水产厅相较，日本外交系统对第十七次渔业谈判的态度一直较为正面，也有决心解决悬宕多年的渔业问题，甚至亲自到冲绳听取当地渔民心声；日本媒体形容，「外务省之积极，十分罕见」。
不过，在第一次预备会议之后，日本外务省遭到来自冲绳渔民的强大压力。渔民找地方议员上访，痛骂外务省官员是「卖国贼」。一九九七年日本政府已经在渔民不知情的状况下，与中国大陆签下新的渔业协议，扩大双方的「共同水域」，现在居然还想历史重演。
最后在日本外务省的强势主导下，台日双方还是得以坐上谈判桌，针对渔业作业进行讨论。双方很快就达成共识，以经纬度为划界原则；且为免事态复杂化，双方也同意排除北纬廿七度以北的范围，专注北纬廿七度以南、日本先岛诸岛附近海域，但不涉及钓鱼台十二海里的主权争议。
日方认为，先岛诸岛有日本渔民的人工岛礁，不应让台湾渔船进入。在日方坚持下，我方争取到石垣、宫古岛以北周边的海域，也就是黑潮通过、捕捞鲔鱼的地点，让我方渔民仍获得实质利益，得以对国内交代。
为避免消息走漏引发大陆抗议，台日其实上周已达成具体共识，但双方最高层都下达封密码，在签协议前消息绝不能走漏。
被日方形容为「历史功绩」的台日渔业协议，已经引发大陆关切，要日本确实恪守在台湾问题上所做承诺。我方在对日渔谈取得实质胜利后，面对大陆可能有的反应，我政府高层也必须妥善因应。
